MTsN 5 Aceh Besar didirikan pada tahun 1971, berlokasi di jl. B.Aceh Meulaboh Desa ketapang, Kec. Lhoong , kab. Aceh Besar. Pada mulanya didirikan oleh yayasan atas tanah wakaf seluas 1,135 M3 yang bertujuan untuk menyediakan pendidikan bagi masyarakat di sekitar Kemukiman Lhoong yang tidak terjangkau oleh sekolah negeri yang telah ada.Kemudian pada tahun 2003 MTsN Lhoong dipindahkan ke Desa Monmata. Bangunan tersebut didirikan atas tanah yang di wakafkan oleh H.M Ali Abu (Almarhum).
Tahun demi Tahun MTsN 5 Aceh Besar selalu mengalami perkembangan / kemajuan, baik dari segi kualitas maupun kuantitas. Seiring dengan perkembangan tersebut, pada Tahun 2009 MTsN 5 Aceh Besar di Negerikan dan diresmikan oleh Ka kanwil ProV NAD Drs.H.A.Rahman T,B LT.
Sejak didirikan sampai sekarang MTsN 5 Aceh Besar sudah dipimpin oleh 9 (Sembilan) orang Kepala Madrasah, yaitu :
1. Tahun 1962 – 1973
2. Tahun 1973 – 1991
3. Tahun l991 – 2001
4. Tahun 2001 – 2002
5. Tahun 2002 – 2005
6. Tahun 2005 – 2011
7. Tahun 2011 – 2018
8. Tahun 2018-2019
9. Tahun 2019-sekarang