MTsN 5 Aceh Besar didirikan pada tahun  1971,  berlokasi di jl. B.Aceh Meulaboh    Desa ketapang, Kec. Lhoong , kab. Aceh Besar. Pada mulanya  didirikan oleh yayasan atas tanah wakaf seluas 1,135 M3 yang  bertujuan untuk menyediakan pendidikan bagi  masyarakat di sekitar Kemukiman Lhoong yang tidak terjangkau oleh sekolah negeri yang telah ada.Kemudian  pada  tahun 2003 MTsN Lhoong dipindahkan  ke Desa Monmata. Bangunan tersebut didirikan atas tanah yang di wakafkan oleh H.M Ali Abu (Almarhum).

Tahun demi Tahun MTsN 5 Aceh Besar  selalu mengalami perkembangan / kemajuan, baik dari segi  kualitas maupun kuantitas. Seiring dengan perkembangan tersebut, pada Tahun  2009 MTsN 5 Aceh Besar di Negerikan dan diresmikan  oleh Ka kanwil  ProV NAD Drs.H.A.Rahman T,B LT.

Sejak didirikan sampai sekarang MTsN 5 Aceh Besar  sudah dipimpin oleh 9 (Sembilan) orang Kepala Madrasah, yaitu :

1. Tahun 1962 – 1973                

2. Tahun 1973 – 1991             

3. Tahun  l991 – 2001             

4. Tahun 2001 – 2002             

5. Tahun 2002 – 2005             

6. Tahun 2005 – 2011             

7. Tahun 2011 – 2018             

8. Tahun 2018-2019                

9. Tahun 2019-sekarang